之后就是剧情，水之精灵石也到手了，我们可以去找塞尔达公主了。
不过先别忙着走，游上右手边的岸，找到一个黄色的大石头，用炸弹炸开，会出现一个很大很大的洞口，进去时候就是第三个大妖精。一样吹奏塞尔达摇篮曲(节奏是XAYXAY)，大妖精出现，剧情后获得风属性魔法。很实用的魔法，大家都知道比如说在迷宫中保存了记录，再读取记录进入游戏的时候，就会从迷宫开头进入。这个魔法的作用就是传送。第一次使用可以设置在这个位置为传送点，然后再次使用就是传送过去或者选择消除之前的传送点，十分方便。不过只能在迷宫内设置传送点。
话说大妖精真的让我觉得这游戏设置为全年龄的不妥啊，要知道大妖精一笑我都一哆嗦…………
然后我们就去海拉尔城堡进发吧。在城下町那里会发生塞尔达公主被奶妈带着被迫出逃的剧情。
然后林克首次遭遇加农，当然幼年期的林克是打不过加农的。剧情过后，我们赶紧去找动画中公主掉进河里的时之笛。然后发生这一刻塞尔达公主灵魂附体的剧情，并学会时之歌(节奏是YLRYLR)。塞尔达公主还说，要在时之神殿门口的石板上吹奏时之歌，就可以穿越时空拯救世界。那么我们就过去吧，按照地图蓝色标记的指示，来到城下町，从城下町可以看到一个教堂似的建筑，那个就是时之神殿。
走进时之神殿就会看到一个深色的大石板，在那个石板面前吹奏时之歌，就会发生三块儿精灵石共鸣的剧情，然后时之神殿的大门就会开启。里面放着的是传说中的绿帽子专用剑……恩……或者叫大师之剑……
剧情后林克就穿着白丝长大了，正式肩负起拯救海拉尔的重任。此外还会第一次遇见蒙面迷之女。(话说这女的在任天堂大乱斗中的设定是：塞尔达公主变的……)
接下来就是时之笛的正片了，前面的几个迷宫只不过是开胃菜而已。接下来才是真正的迷宫连续大冒险。大家做好准备哦!
未来的海拉尔大陆，已经被加农毁坏的面目全非。城下町已经完全是一片废墟，还遍布丧尸。海拉尔平原即使是白天也依然阴云密布。主角我在心里暗暗发誓一定要好好收拾加农这个熊孩子。
首先来到之前捉过鸡的卡卡里克村。目的地是村子的墓地。在一进门左手边的一排墓碑上，最靠边的，有一排小花的墓地拉开会有隐藏通路(另外入口处第一排墓碑有花的，拉开会有妖精之泉，可以用空瓶子装几个妖精用来补血和复活)。进入后会和一个幽灵发生剧情，一直跟着他走，不要跟丢了，小心他丢出的鬼火。最后如果成功跟上，会得到钩锁。之后出门，演奏时之歌(节奏是YLRYLR)。就能直接出门了。这里有个心之碎片可以考虑获得。这个屋子里摇琴的人，会教给你岚之歌(节奏是LRALRA)。站到他面前拿出笛子就行了。
然后就可以回老家了。但是我们不是回老家结婚，而是去森之神殿。当然迷失之森也要过。还记得顺序么。右左右左前左右。中间遇到拦路的就给他吹萨利娜之歌(节奏是RYXRYX)。
最后达到森之圣域。这里也不再像以前一样那么平和了，多了很多狗头人。由于狗头人看到你就会飞奔而来，所以尽量不要让其发现，从背后或者远处攻击。多利用刚获得的钩锁，十分有效。在拐角处可按住L键对正视角来观察情况。
最后一个守住路口的锤子狗头人，虽然乍一看无懈可击，但是其实它的冲击波还是可以躲的，多利用左右换线和翻滚，绕道它背后就行了。最后达到森之神殿门口发生剧情。学会森之舞曲(节奏是LAXYXY)，作用是直接传送到森之圣域门口。
利用刚刚获得的钩锁，钩住森之神殿门口的树枝，就能上去了。然后进入森之神殿。
森之神殿
迷宫地图(请配合攻略一起看)
1.刚到门口就会受到两只狼的欢迎，记得狼的打法就是防御住它的攻击然后再打。记得打完爬上树藤，上面有一个小宝箱，里面是一把小钥匙。
2.正式进入森之神殿，大厅发生四个灯灭掉的剧情，然后一直向上来到尽头的房间。会和两个骷髅战士发生遭遇战，获胜后会获得小钥匙。然后返回大厅。
3.在右上角那里有个需要吹时之歌(节奏是YLRYLR)就会消失的石头，吹奏时之歌以后进入一个阳光明媚的庭院1。不用管其他地方，先右拐，看到一片树藤。上面有三只蜘蛛，需要先用钩锁干掉，然后爬上去，来到一个房间，里面会有强制战斗。敌人是飞骷髅，首先要用钩锁将其打晕，然后在用剑砍。获胜后大宝箱出现，里面是地图。
4.从另外一个门出来有地图的小屋子，就会来到另一面的庭院2。这里是一个阳台，旁边有树藤，先把树藤上的蜘蛛干掉，然后再爬到另外一个阳台上，踩红色机关。就会看到庭院里的井水枯了。然后跳下去(记得面朝水，不然会摔着)，从井口的梯子下去，一路走到另一头，打开小宝箱，是第三把小钥匙。然后再爬上去，就回到了庭院1。此时再返回大厅。
5.用小钥匙打开唯一有锁的门(左下角的)，进入房间1。在房间1里面，顺着梯子往上爬，爬上去后按照地板的提示，把石头拉出来，推过去，推到指定位置。最后一步要从石头拉出来的路那里绕过去推石头。先不忙着往上爬，先回来，回到蓝色石头原来的地方，有一个梯子，爬上去，拐个弯就会看到红色石头，一直推到底。然后再回去踩着蓝色石头往上爬，就会看到红色石头了，然后往前推，推到底。然后踩着红色石头往上爬，右拐，就会看到梯子，继续往上爬。用第二把小钥匙打开眼前的门，来到一个扭曲的房间1。(这场景设计的……)
6.然后用最后一把小钥匙打开尽头的门，来到一个楼梯间1。这里有三幅画，并且看到了开始夺走火焰的幽灵四姐妹中的一个。现在还拿她没办法。下楼之后。来到一个圆形的房间。这里是强制遭遇战。第一波只有一个骷髅战士，第二波两个一起来。获胜后，出现大宝箱，得到妖精之弓。这样就可以回去收拾那个幽灵了。这个幽灵会在三幅画之间来回转换，如果你过于靠近她所在的那幅画她就会转换走。那么我们就用弓箭在远处，看到她在哪幅画里就射击那幅画就可以了。三幅画都搞定后她就会从画里出来，来到楼梯间下层，和她决一死战吧。记得她本体消失的时候以及正前方，和旋转攻击的时候，都是无视咱们的攻击的。而且她的火把容易把剑弹走。所以最好从背后砍。获胜后火把会自动点亮，并且获得一个小钥匙。
7.通过刚才打三个骷髅战士的房间，来到楼梯间2。这里也有一个喜欢躲在画里的幽灵。这次是幽灵四姐妹的三女。蓝色的。和打她姐姐一样打就行了。获胜后火把自动点亮，并且出现大宝箱，里面是指南针。
8.然后打开楼梯间2的上面带锁的门，就会来到扭曲的房间2。先不管这个，我们通过楼梯间2再通过楼梯间1返回到房间1。然后回头看，就会看到这个门上面的眼睛机关。用弓箭射击。就会使扭曲的房间1变得正常，然后我们再次进入。这次我们就可以获得豪华宝箱里的BOSS房间的钥匙了。获得后直接从旁边的缺口跳下，遭遇战胜利后出门，来到庭院1的上层。
9.走两步右面会有一个铁门，进去，遭遇战。获胜后会出现小宝箱，里面是小钥匙。
10.然后出来，走到尽头的木头门，再次来到房间1，那么这次我们需要做的是，把扭曲的房间1再变回去。然后进去，进入楼梯间1，在通过楼梯间2，再次来到扭曲的房间2。然后爬上走廊的房间，这时我们才能打开门锁，进入下一个场景。
11.这里有四个转动的平台，中间一个火炬，墙上一个被冰封的眼睛机关。我们要做的就是，站在移动平台上，一直瞄准着眼睛机关，当眼前出现火炬并和眼睛机关重叠时，放箭。弓箭就会变成火箭把冰封的眼睛机关融化激活。此时扭曲的房间2也会起变化，我们该回去了看看了。
12.来到扭曲的房间2，地下面有个洞，果断跳进去。这里的地板会落下，只有几个空可以呆着不被压到，而且注意看地板上的黑影，有影子的上头都会落下蜘蛛，一样不能待。先冲着开关跑，打开门。然后再冲着小宝箱，之后再出门。
13.这里又会遇到一个幽灵，这次是最小的妹妹。攻击模式和她两位姐姐是一样的。把她从画里拉出来的办法就是，进入房间后射击她的画，房顶的拼图砖块就会掉下来，然后拼成和画一样就行了。基本没难度，其中一块儿蓝色的是多余的，记得先去掉。获胜后火炬点亮，大门打开，我们前往下一个场景。
14.通过小走廊，再次回到大厅，就会看到幽灵四姐妹剩下的最后一个已经在大厅等着你了。走近后她就会分身。分身的时候无论怎么攻击都是无效的，需要注意她发动攻击前，是本体的就会转一下圈。然后马上锁定这个，并把盾支起来，防御住她的攻击后马上给予还击。不过不是用剑，而是用弓箭或者钩锁。用剑几乎砍不到她就消失了。当然也可以这么打，用钩锁或者弓箭攻击的时候，如果是分身就会消失，如果是本体就会受到伤害。如果弓箭富裕，完全可以蒙着玩儿。
击败之后，四个灯再次点亮，中间的升降台也上来了，然后我们就该下去了。
15.这个房间里还是有一个小机关，就是推着突出的立方体，可以让房间内层转起来，从而通过不同的出口获得不同的东西，大家推推看就知道了，很简单。先后要踩三个机关才能打开BOSS房间门前的栅栏。之后进入BOSS房间。
BOSS战
进入BOSS房间转一圈，准备离开的时候BOSS才会出现(囧)。
BOSS的攻击模式开始只有不断的从画里进进出出，然后放电，盾牌可以完全防御。此外推荐打开喇叭，能很好的从声音里判断出BOSS即将出现的位置。
此时能攻击BOSS的只有BOSS出画的那一瞬间，浑身冒白光的时候，用弓箭射击。
成功攻击几个回合后，BOSS会进入第二形态，没马了，也不钻画了，直接人出来放魔法。
此时需要用剑砍BOSS施放的魔法球，反弹给他造成伤害。后期BOSS会多次再把魔法球反弹回去，而且速度会越来越快，需要注意一下。
BOSS中了魔法球以后就会晕，然后过去猛砍，需要砍很多个回合才能把BOSS干掉。
之后又是剧情，不过这次剧情讲的是，幼驯染竟然是森之神殿的森之贤者(-0-这到底神马展开啊。)。接下来的剧情就可以听到林克的惨叫了，虽然我也被吓了一跳……
然后我们应该回到时之神殿会再次见到蒙面迷之女。顺便她还教会我们光之前奏曲。作用是可以直接传送回时之神殿。
然后我们现在可以去领马了(之前去过不行的，必须过了森之神殿才行)。首先准备60卢比，然后去农场。农场也和海拉尔大陆一样变得完全不一样了。农场主的女儿也长得亭亭玉立，而且我觉得是时之笛中最漂亮的女性角色……白天到农场里的体育场。就可以花10卢比骑马。用笛子的艾波娜之歌(节奏是AXYAXY)唤来艾波纳，先骑一圈熟悉一下操作，然后坐在马上和现在的农场主对话，就会发生赛马剧情，这时要有50卢比。然后和农场主赛了两圈，他都输了(艾波纳有主角光环，快得多……)。气急败坏的农场主把农场锁上了门，不过我们依然可以加速跳出去。这样，从此以后我们出门就可以骑马了。